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査証相互免除措置実施国・地域の外国人、再入国許可又は難民旅行証明書を所持する外国人、上陸の特例許可を受ける外国人を除いて、外国人が日本に上陸する際には、原則として在外公館（海外にある日本の大使館や領事館など）が一定の条件に基づいて発給した査証（ビザ）の記載がある有効な旅券（パスポート）を入国港で入国審査官に提示して上陸の申請をし、上陸許可の証印を受けなければなりません。
査証（ビザ）発給手続の種類
査証（ビザ）発給の手続は、大きく2つの種類に分類することができます。
海外にいる外国人が直接、在外公館に査証（ビザ）申請をする方法
- 外交、公用、短期滞在の査証（ビザ）などは、原則として短期間のうちに在外公館限りで発給されます。
- 就労その他の長期間にわたる日本での滞在を目的とする査証（ビザ）は、原則として事前協議と呼ばれる方式で行われます。それは、在外公館から日本の外務省本省へ、外務省本省から法務省入国管理局へ査証（ビザ）発給の可否についての協議がなされ、入国管理局では地方入国管理局の事実調査の結果を踏まえて査証（ビザ）発給の可否について回答するものです。このように国を超えて複数の行政機関が関与するため、査証（ビザ）発給まで長時間を要し、現在ではあまり利用されていません。
「在留資格認定証明書」の交付を受けて、在外公館に査証（ビザ）申請をする方法
外国人本人又は受け入れ企業や団体、在日親族、行政書士、弁護士等が日本国内で法務大臣に「在留資格認定証明書」の交付を申請して同証明書の交付を受け、同証明書を添えて在外公館に査証（ビザ）申請すると比較的短期間で査証（ビザ）が発給されます。
現在では、日本へ上陸するための上陸手続申請として「在留資格認定証明書」を利用した方法が圧倒的多数を占めています。
「在留資格認定証明書」による上陸手続
「在留資格認定証明書」とは、本邦に上陸しようとする外国人が日本で行おうとする活動が上陸のための条件（在留資格該当性・基準適合性の要件）の１つに適合しているかどうかについて法務大臣が事前に審査を行い、この条件に適合すると認められる場合に法務大臣が交付する証明書のことです。
通常は、この証明書を提示して外国にある日本大使館や領事館で査証（ビザ）発給の申請を行えば、在留資格に関する上陸のための条件についての法務大臣の事前審査を終えているものとして扱われるため、査証（ビザ）の発給は迅速に行われます。
「在留資格認定証明書」により日本に入国する場合には、申請人本人又は雇用先企業や行政書士、弁護士などの代理人が、申請人の予定居住地又は受入れ企業等の所在地を管轄する地方入国管理官署（支局・特定の出張所を含む）に在留資格認定証明書交付申請を行うことになります。審査の結果、地方入国管理局長から「在留資格認定証明書」が発行されると、その原本を本国いる外国人本人に郵送します。本国でこの証明書を受け取った外国人は、写真や申請書などの簡単な書類と「在留資格認定証明書」の原本を持って日本大使館や総領事館などに査証（ビザ）発給の申請を行います。既に調査は終了しているものとして扱われますので、在外公館により異なりますが通常は２～３日から数週間で査証（ビザ）が発給されます。そして、希望する査証（ビザ）が添付されたパスポートをもって、飛行機などで日本へ入国することになります。
空港や港での上陸審査の際には、在留資格認定証明書を提示すれば、在留資格該当性等の上陸条件適合性の立証を容易に行うことができ、特別な事情がない限り「在留資格認定証明書」に記載されている在留資格が付与され日本に滞在できるようになります。
このように便利な制度ですが、「在留資格認定証明書」が地方入国管理局長から交付されたからといって、必ずしも日本への入国が保障されるわけではありません。交付後に本人が上陸拒否事由に該当することが判明した場合や、大使館等で面接を行い、入国目的（本邦で行おうとする活動）に疑義がある場合等、例外ではありますが査証（ビザ）が発給されないこともあります。また、在留資格認定証明書は交付後３か月以内に日本に上陸し上陸の申請をしないと失効してしまいますので、あらかじめ入国スケジュールを確認してから申請しましょう。